生态修复(ecological remediation)是在生态学原理指导下，以物理、化学、生物、环境、工程、信息、工程、管理学科为基础，以改善和修复生态系统结构和功能为目标，研究自然和人类活动作用下生态环境演化规律及影响因素、生态系统稳定性和可塑性原理、生态环境修复技术与管理的学科。本学科研究重点是流域水生态环境修复，有三个主要研究方向：
1、流域水环境过程与效应
以环境化学、环境工程、水文学、地理学、毒理学为基础，研究污染物和碳氮磷营养元素在流域的源-流-转-汇过程及其生态环境效应。以微观与宏观研究相结合，机理研究与数值模拟相结合，研究污染物在河流、湖库等流域环境系统中的物理-化学-生物过程，阐明污染物的形态与生物有效性以及水环境影响因素，揭示自然和人为因素作用下流域水环境的演变规律，为流域环境管理与污染治理提供科学依据。
2、生态环境用水保障
针对缺水地区水资源约束和生态环境用水保障不足的突出问题，以生态学、水文学、土壤学、植物学、环境科学为基础，开展非常规水资源时空分布特征和开发利用潜力研究，开展河流生态基流、河道外生态需水理论研究，城市景观生态水体构建技术和生态环境用水保障管理研究，开展非常规水资源利用与生态环境用水优化配置研究，为缺水地区生态环境用水管理提供科学依据。
3、矿产资源开发水污染控制
针对矿产资源开发对地下水资源破坏影响，综合环境科学、水文地质、环境地质、地理信息等理论基础，开展地下水污染运移规律和水化学特征变化机理、地下水保护和矿井水综合利用技术研究。针对非常规天然气开发高矿化度排采水污染问题，开展高盐废水处理回用、回注处置和贮层保护等工艺技术研究，为矿产资源开发水环境管理提供技术支持。
